位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实(shí )施着超能力开发的特(tè )殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的(de )六阶段评价。　　高(gāo )中生上条当麻，也是住在学园(yuán )都市的学生之(zhī )一。他由于隐藏在右手中的(de )力量——只要是异能之力(lì )，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满(mǎn )不幸的人生。　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨(jù )大的变化。自从与逃离“魔法”世界(jiè )的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷(juàn )入了各种各样的(de )事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝(sī )关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十(shí )字教最大宗派罗马正教，终于注意到上(shàng )条的存在……。　　如同呼应魔法方一般，科学(xué )方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开(kāi )始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条(tiáo )有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！